مهمترین مشکلات حقوق بشر در ایران محدودیتهای شدید بر آزادی های مدنی از جمله آزادی تجمعات، آزادی بیان، آزادی مطبوعات؛ محدودیت بر توانایی شهروندان برای تغییر مسالمت آمیز دولت از طریق انتخابات آزاد و عادلانه؛ و بی توجهی به عزت انسانهایی که خودسرانه و بطور غیرقانونی توسط مسئولین بازداشت، شکنجه و کشته شده اند، است.

مشکلات دیگری که در زمینه حقوق بشر گزارش شده اند عبارتند از: ناپدید شدن ها؛ رفتار یا مجازات بی رحمانه، غیرانسانی و تحقیرآمیز از جمله شلاق زدن و قطع عضو به دستور دستگاه قضایی؛ سرکوب و خشونت با انگیزه های سیاسی؛ نگهداری در بازداشتگاهها یا زندان در شرایطی سخت که جان افراد در خطر قرار می گیرد، با مواردی از مرگ در زمان بازداشت، دستگیری خودسرانه و بازداشت طولانی پیش از محاکمه ، گاهی بدون دسترسی به تماس خارج از زندان، ماموران امنیتی که همواره از معافیت مجازات برخوردارند، محرومیت از دادرسی عادلانه و عمومی که گاهی بدون طی مراحل قانونی به اعدام منجر می شود، فقدان یک دستگاه قضاوت مستقل، زندانی ها و بازداشت شدگان سیاسی؛ اجرای ناکارآمد روشها و مراحل قضایی مدنی؛ دخالت خودسرانه در حریم خصوصی، خانواده، خانه و ارتباطات؛ محدودیت های شدید بر آزادیهای بیان (ازجمله از طریق اینترنت) و مطبوعات؛ آزار و دستگیری خبرنگاران؛ سانسور و محدودیت بر محتوی اخبار؛ محدودیت شدید بر آزادی در حوزه دانشگاه؛ محدودیت های شدید بر آزادی تجمعات و انجمن ها؛ برخی محدودیت ها بر آزادی رفت و آمد؛ فساد رسمی و عدم وجود شفافیت دولتی؛ محدودیت بر تحقیقات توسط سازمانهای بین المللی و غیر دولتی درخصوص موارد گزارش شده نقض حقوق بشر؛ تبعیض قانونی و اجتماعی علیه زنان، اقلیت های قومی و مذهبی، و افراد دگرباش جنسی براساس هویت جنسیتی و گرایش جنسی متصور، تحریک افراد به یهودی ستیزی؛ قاچاق انسان؛ و محدودیت های شدید بر اعمال حقوق کارگری.

دولت ایران گامهای کمی در جهت بررسی، محاکمه، مجازات و یا مسئول نگاه داشتن مسئولین نیروهای امنیتی و سایر مقامات دولتی که مرتکب جرم شده اند برداشته است. مصونیت از مجازات در همه سطوح دولت و نیروهای امنیتی همچنان فراگیر است.